水利工程学科以学院学科为主要支撑，是国家首批“211工程”重点建设学科、国家一级重点学科、国家优势学科创新平台建设学科，2008年、2012年全国学科评估排名均为第一，2016年全国第四轮学科评估获评A+，继续保持排名第一。2010年和2014年连续入选江苏高校优势学科建设工程，2017年和2022年连续入选国家“双一流”建设学科。
国家双一流建设学科：水利工程
国家重点学科：水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程
博士二级学科授权点：水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、水利水电建设与管理
硕士一级学科授权点：安全科学与工程
专业博士学位授权点：土木水利
专业硕士学位授权点：土木水利
博士后流动站： 水利工程
